鞠躬尽瘁治三河
朱之锡赴任不久，黄河下游便进入了冬季凌汛期。由于天寒地冻，河水结冰，严重阻塞河流的畅通，祥符槐堤坝很快就被河水冲决了一个大口子。
中国河患由来已久，最为严重莫过于黄河、淮河了。由于明末清初几十年战乱，黄河堤防失修，大河不断北决，漕运亦受影响，治河任务十分艰巨。清朝初期，首重治河，曾不惜巨资派专人勘探河源，以寻求治河的方略捷径。自顺治以来，黄河、淮河连年决口，光每年治黄投运就达百数十万两、役夫丁工数万。由于清朝基业初定，百废待兴，下拨之治河经费常常入不敷出、捉襟见肘。资金的短缺，给新任总督河道朱之锡增加了治河的难度。
黄河之水曲折东流四五千余里，流经九省。中游黄土高原，有大量泥沙入河，导致下游河道严重淤积。年复一年，致使河南、山东一带的下游河床高出两岸平地数丈。因此，全靠人工筑堤防水。一旦河堤决口，势必泛滥成灾，危及到淮河。
淮河流经四省1000余里，本身为害并不大。若黄水入淮，其水势则凶猛十倍，极易引起堤决沙沉，殃及安徽、江苏等省。且苏皖一带地处平原，地势低洼，加之河道不畅，每逢夏秋季节，洪水下泄，几成汪洋。由于连年洪涝频繁，遭灾严重，两河百姓民不聊生，苦不堪言，只能逃荒讨饭，苟延残喘。从地理上看，位于中原腹地的淮河流域面积有4万公顷土地，大部分处于洪水威胁之下。清朝前后，每百年平均发生水灾94次，旱灾59次。每次灾情发生，流离失所的灾民不计其数。由于水患造成的贫穷，影响到社会安定。历史上有好几次改朝换代的农民起义均源于此。黄河下游、淮河流域成为历史上有名的多灾、贫穷、落后的黄泛区。故治黄即所以治淮，而治淮莫失于治黄。
清代经管于淮、黄交汇之地的治理，花费了大量的人力、物力、财力。但均因治理不力，奏效甚微。因此，朱之锡赴任之后，不是劳于奔命治黄堵决口，就是淮河告灾，亲临抗洪第一线。南北交驰，几无歇脚之时日。朱之锡的前任河道总督杨方兴，治河多年，由于黄河决口频频，他本人虽曾以防护无功而提出辞职，并多次遭到朝中大臣的弹劾，但朝中实在缺乏合适人选，故顺治不是上谕“以弹力河防不必引咎”为由拒绝，就是用“上念其劳以原官加任”稳住其心。他任职最后一年，也是朱之锡刚刚接任前后，黄河大王庙处决口，一次花费堵口银两就多达80万两。由此可见，治理河道，担任总督一职绝非易事。《清史稿·河渠志》记载的朱之锡治河的前五年中，光黄河决口的情形，就十分触目惊心：“是年，决祥符堤，疙瘩随塞。”“十四年，建义、马逻诸堤并溢。姚家湾塞。之锡驰赴清江浦筑戗堤，塞决口。”“宿迁董家口为沙所淤，就旧渠迤东别开河四百丈通运道。复决武慕家楼。”“十五年十月，河决山阳柴沟。”“十六年，决归仁堤。”“十七年，决陈洲、郭家埠、虞城罗家口随塞。”水患之频繁，不容朱之锡有喘息之机。
朱之锡上任后，对黄河、淮河、运河等地的治河情况，亲临沿线勘察。经过一番调查研究，先后多次向朝廷奏本治理河道的合理建议。如河南每年治理河道的夫役，应保存原有的名额。原明朝制定的淮河工事，除了官府丁差外，大多来自于民修，应当恢复旧例。扬州一带的运河附近，湖泊多，属黄、淮交汇之处，以前设有堤闸以便蓄水漕运或抗洪防灾，应当择要修葺。在汛期前，各地要备足应急材料，以防河堤决口。特别是洪灾多发的濒河、临河两岸的州县必须预先做好筹备。地方上出现的奸、豪包占夫役，卖富佥贫、发洪水财私弊百出等问题，应当严责司、道、府、厅各级查报，凡是发现官吏徇私舞弊，隐瞒不报的，以渎职罪从严论处。各地在黄河汛期守更的水夫，如果发现阴雨天气不赴堤日夜值班的，扣除工食直至旷尽，并责令管河厅、道严加核查，及时撤换。各地河员升调降用，一律等到新任上岗时方可离任。河员的专职官，不能另有差事。每年年终经过一次考职，然后举行一次奖劾。朱之锡的奏本，都被获准录用。
顺治十五年（1658），为了治理黄河与运河之交的董口淤塞，朱之锡亲勘工地，从石碑口迤南，别开新河250丈，以接连大河，终使河水流畅自如。顺治十六年（1659）春，他又亲驻山阳苏嘴一带，排除五大险工，丛弊一清。后又奔赴太行老堤，制定治河决策。建议中州各地派遣的夫役当照15年以前的属地，分别远近，轻重缓急，渐次调用民工，既保持了正常需要人数，又做到了合理摊派夫役，众百姓心悦诚服。朱之锡每年都要清理各地河官的财务。发现贪污渎职者，一律从严惩处。
大运河是清朝北自京师口，南抵杭州湾的一条水运大动脉，三河交汇处更是朝中南北运输的咽喉要道。《清史稿·河渠志》载：“夫黄河南行，淮先受病、淮病而运亦病，由是治河、导淮、济运三策，群萃于淮安、清口一隅。”
大运河与黄河、淮河南北纵横交错，如果黄河决口不能堵住，则淮河泛滥，淮河受害则牵涉到运河成灾。这条清代漕运的水上生命线，一旦梗阻，粮草难行，兵马不动，后果不堪设想。而治理大运河必须先从受害最严重、工程最艰巨处入手。朱之锡上任前不久，大运河就曾因夏季大雨，黄、淮之水交加，相继溃堤，冲开了江都、高邮等河堤数百丈。沿河百姓深受其害。一旦水灾过去，运河又因大量沙泥淤积而阻塞漕运。由于明清之际，战争纷乱，漕运受阻失修已有数十年。因此，清朝初，为使漕运畅通无阻，朝廷征集了大批民夫，清淤除塞，疏浚运河。
顺治十八年（1661）冬，清江至高邮300里间因水患，河道几成平地。朱之锡召集民夫彻底清淤疏浚。他奏请朝廷发给民夫粮食以作报酬，稳定了民工的人心。故而，虽工程浩大，但劳工不缺。朱之锡鉴于运河因水灾或干旱都无法通航船只的实际情况，奏请朝廷修建了南起台庄，北至临清的多处调节水流的闸门，并严格控制船只运载的重量和开启、关闭水闸的时间，使运河得以终年可以通航。
康熙亲政以后，把河务当做巩固清朝统治的重大政治任务，始终没有放松对水利的整治。康熙元年（1662），朱之锡任期已满，经考核，因功绩卓著，仍为康熙重用，康熙命给诰身，亲赐羊酒文绮，朱之锡进阶为资政大夫，继任总督河道，成了两朝治河重臣。
在康熙帝执政的最初15年内，黄河决口达69次。黄、淮每次决口都给中原产粮区和江南富庶之地造成惨重的经济损失，直接危及清政府的财政收入，影响到局势的稳定。《清史稿·河渠志》载：
康熙元年（1662）五月，决曹县石香炉、武陟大村，睢宁孟家湾。六月，决开封黄练集，灌祥符、中牟、阳武杞、通许、尉氏、扶沟等七县。七月，再决归仁堤。河势既逆入清口，又挟睢、湖。诸水自决口入，与洪泽湖连，直趋高堰，冲决翟家霸，流成大涧九。淮阳自是岁以灾告。
这年黄河连连决口，几成大患。朱之锡亲自驻扎在治河工地上，指挥抗洪抢险，筹划民工和材料，以致手、脚、口都生疮溃烂，也不下一线，直到抗洪告成，险情排除。
朱之锡几十天时间内，除了一天在住所处理案牍之事外，其余九天时间都在外奔波，巡视督查。酷夏在野外不张伞盖，寒冬腊月不穿皮袍。不是夜宿在荒郊野外的破庙里，就是在治河工地上坐等到天明，与民工打成一片。他既对民工夫役怜悯体恤，以粮代赈，为民解困去忧，又革除陋规，立碑于道，严禁官吏苛待民工，为民昭雪、平反冤狱。兖州有劣绅朱明量者，因私冤诬告良民胡守法。致使胡守法含冤受屈，身陷囹圄，并株连九族。胡守法虽连连上告，但均因朱明量买通官府，翻不了案。时恰逢朱之锡巡视河道至兖州，胡守法亲属冒死呈状鸣冤叫屈于总河衙门。朱之锡十分重视，经过深入调查，终于案情大白。胡守法冤情得以昭雪，朱明量和贪赃枉法的地方官也得到了惩罚。民心为之大振。
朱之锡十年如一日，心系三河，尽忠职守，不论哪里告急，他总是不惜废寝忘食、日夜兼程地赶到。足迹几乎踏遍黄、淮两河各地，即使积劳成疾也不告假治病调养，以至身体虚弱，形神憔悴。由于他的呕心沥血，三河水患得到极大程度的抑制。在他任总督河道的10年中，没有发生过重大水灾，沿河人民得以安居乐业。
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